出入口が分かれていて、中でつながっていないタイプの二世帯住宅は、確認申請上は通常、長屋として取り扱われます。上下階に世帯が分かれる場合は重層長屋と呼ぶことが多いようです。
共同住宅として扱うことも可能ですが、建築基準法における特殊建築物の規定、東京都建築安全条例(16条~20条)等が掛かってきて条件が厳しくなるので、あえて共同住宅とすることはほとんどありません。但し、各住戸の出入口が直接道路に面していない場合、長屋については東京都建築安全条例第5条によって、各戸の主要な出入口から幅員2m以上の敷地内の通路を確保しなくてはいけないのに対し、共同住宅においては、同条例第17条によって、住戸等の床面積の合計に応じ、1.5m、2m、3mの幅員の通路を確保することを求められており、住戸面積が100㎡を超えない場合には、敷地内通路の幅員が小さくて済むということが起こります。
但し、この条件を適用するためには、当然、他の法令を満たす必要があります。特に耐火性能については、ほぼ耐火建築物であることを求められるケースとなると思いますので注意が必要です。